신비한 목걸이가 밝게 빛나면, 구름 너머 전설의 성이 드러난다!

하늘을 날아다니는 성 라퓨타 제국과 그 성을 날아다닐 수 있게 하는 전설의 비행석을 둘러싼 모험

신비한 비행석을 지닌 소녀 시타는 정부의 비밀조사기관원 무스카에게 연행되어 비행선을 타고 가던 중, 비행석을 노리는 하늘의 해적 도라 일당에게 습격당한다. 혼란을 틈타 도망치려던 시타는 지상으로 추락하지만 비행석의 힘에 의하여 천천히 떨어지고, 그 광경을 본 파즈에게 구조된다. 

죽은 아버지로부터 하늘을 떠다니는 성 라퓨타에 대해 들은 적이 있는 파즈는 시타를 도와 무스카와 도라 일당을 따돌리고 달아나는 과정에서 라퓨타의 존재를 확신하게 되고 함께 찾아나서기로 하지만, 곧 무스카에게 붙잡히고 만다.

시타는 무스카로부터 자신이 과거에 세계를 지배했던 라퓨타 제국의 왕위 계승자이며, 어린 시절에 할머니에게 배웠던 주문과 비행석을 이용해 라퓨타의 위치를 알 수 있다는 비밀을 알게 되고, 파즈를 풀어주는 조건으로 그에게 협조하기로 한다. 풀려난 파즈는 도라 일당과 힘을 합쳐 시타를 구출한 뒤 라퓨타를 찾아 떠나고, 비행석을 손에 넣은 무스카도 라퓨타로 향한다. 라퓨타를 장악한 무스카는 그 힘을 이용해 세계를 지배하고자 끔찍한 살상을 자행하고, 시타는 라퓨타가 소유한 힘을 소멸시키는 주문을 외워 라퓨타를 파괴시킨다.