53년작에 이어 50여 년만에 제작되는 속편으로 피터팬과 웬디의 딸 제인이 또 다른 환상의 모험과 전편에 이어 후크 선장과의 대결이 펼쳐진다.
세월이 흘러 웬디는 성인이 되었다. 그러나 피터팬은 여전히 어린이로 남아있다. 결혼을 한 웬디에게는 제인이라는 딸이 하나 있다. 제인은 피터팬이 나오는 동화를 읽으면서도 결코 피터팬의 존재를 믿지 않는다. 그러던 어느 날 밤 웬디의 집에는 피터팬의 숙적 캡틴 훅이 나타난다. 캡틴 훅은 웬디의 딸 제인을 납치하여 네버랜드로 데려간다. 제인은 자신의 어머니 웬디가 그랬던 것처럼, 네버랜드에서 피터팬을 만난 뒤에야 그의 존재를 믿게 된다. 피터팬은 다시 캡틴 훅과 싸움을 벌이고, 제인은 그의 도움으로 런던의 집으로 돌아온다.