눈 오는 크리스마스 이브, 한 소년이 잠에서 깨어 뭔가를 기다리고 있다. 그것은 바로 산타의 썰매소리!! '과연 내가 그 소리를 들을 수 있을까?' 자정을 5분 남겨둔 시각, 갑자기 들리는 굉음에 소년은 화들짝 놀라 유리창의 성에를 닦고 밖을 내다보니 눈 앞에서 펼쳐진 건 너무나 놀라운 광경! 검은색 기차가 거친 엔진소리를 내뿜으며 그의 집 앞에 멈춰서는 것이 아닌가?
소년은 잠옷 차림에 슬리퍼를 신고 뛰어나간다. 기차의 차장은 소년을 기다리고 있었다는 듯 말을 건넨다. '탈 거니?' '어디로 가는 거죠?' 소년이 묻자 차장은 대답한다. '물론 북극으로 가는 거지. 이건 북극행 특급열차 폴라 익스프레스야!' 소년은 폴라 익스프레스를 타고 기나긴 여행길에 오른다. 그리고 그 여행길에서 소년은 인생의 놀라운 신비를 발견하면서 차츰 자아를 찾게 되는데…