도시 한가운데 거대한 불빛이 솟아오르고, 거리 곳곳에 괴생명체가 나타나 건물을 파괴하며 사람들을 위협한다. 3,000년 전 전설 속의 저주가 현실이 된 것. 훈련에서 돌아와 더욱 강해진 레오나르도와 나머지 형제들은 다시 한번 힘을 모아 싸우게 된다. 하지만 괴물군단을 저지하면 저지할수록 더욱 강력한 존재가 모습을 드러내기 시작하는데... 과연 이들은 이 위기에서 지구를 구할 수 있을 것인가! 더 빠르고, 더 강력하고, 더 새로워진 닌자거북이가 돌아온다!