잠깐의 동물원 외출이 본의 아니게 탈출이 되어, 미지의 섬 마다가스카에까지 가게 된 사자 알렉스, 얼룩말 마티, 기린 멜먼, 하마 글로리아.

마다가스카에서 좌충우돌 모험을 끝낸 뉴요커 4인방은 펭귄 특공대가 제작한 비행기 ‘에어 펭귄’을 타고 뉴욕으로 컴백하던 중, 연료 부족으로 또 다시 미지의 세계에 불시착하게 된다. 이번에는 말로만 듣던 진짜 生 야생 ‘아프리카!