세상에서 가장 소중한 보물인 아들 니모를 지느러미 끝 하나 다칠세라 과잉보호하며 키우던 아빠 물고기 말린에게 청천벽력 같은 일이 벌어진다! 열대어 수집광인 치과의사에게 니모가 납치되고 만 것. 평소 소심의 극치를 보이던 말린이지만 아들을 구하기 위한 일념으로 상상도 못할 온갖 위험이 도사리고 있는 바다 여행에 과감히 뛰어드는데...