오래 전 사라져버린 크립톤 행성에서 태어나 캔자스의 한 농장에서 성장한 수퍼맨(브랜든 루스). 

소년 칼은 클라크 켄트라는 새 이름으로 평범하게 성장했지만 남다른 점이 있다. 보통 사람들이 상상 속에서나 해볼 수 있는 초능력의 소유자. 

평소에는 얌전하고 눈에 띄지 않는 클라크 켄트로 일상을 보내다가 전 세계가 그를 필요로 할 때면 영웅으로 몰래 변신하는 이중 생활을 해야 하는 수퍼맨이다.

세계를 구원하던 그 수퍼맨이 갑작스레 자취를 감춘 지 5년이란 시간이 흘렀다. 그가 사라진 후 도시에서는 범죄가 기승을 부리고, 자신의 욕망을 충족시키기 위한 수단으로 수퍼맨의 비밀을 이용하려는 렉스 루터(케빈 스페이시)가 감옥에서 풀려난다.

한편, 데일리 플래닛 신문사의 간판 기자이자 수퍼맨의 연인인 로이스 레인(케이트 보스워스)은 수퍼맨이 말 없이 사라진 후 새로운 인생을 살고 있다. 심지어'우리는 왜 더 이상 수퍼맨을 필요로 하지 않는가?'란 제목의 에세이로 퓰리처상까지 수상했다. 그리고 혼자 다섯 살의 아들을 키우다 편집장 조카와 약혼까지 한 상태. 그렇게 세상은 영웅을 잊어가고 있었다.

떠나간 사랑의 마음도 되찾아야 하고, 자신의 부재를 틈 타 기승을 부리던 악당들도 소탕해야 하는 수퍼맨. 수퍼맨이 돌아오자마자 렉스의 사악한 계획이 실행되려고 하는 지금, 인류는 그 어느 때보다 더 절실하게 수퍼맨을 필요로 하고 있다.