피터 배닝은 기반을 갖춘 40세의 미국인 변호사이며, 사랑하는 아내와 남매가 있는 그야말로 부러울것 없는 사내, 하나 그는 사업에만 몰두하고 가족들의 일엔 점점 소홀해진다. 아들 잭의 야구 시합에도 사업 때문에 참석하지 못한다. 한편 아내 모이라와 할머니인 웬디는 평생동안 고아들을 위해 헌신하였고, 피터 배닝도 웬디가 데려다 키운 고아 출신. 피터는 웬디에게 바치는 고아병원 개원식에 연설을 하러 런던으로 비행기를 타고 떠나는데, 실은 그는 고소 공포증 환자이다.

 10년만에 찾는 피터를 웬디는 따뜻하게 맞이하고 피터는 성공리에 연설을 마치는데 딴 세상인 마법섬에서 온 후크선장은 피터 배닝의 남매인 잭과 매기를 납치한다. 웬디는 피터의 과거시절인 피터 팬의 기억을 일깨워 주려 노력하지만, 피터는 자신의 과거가 기억나지 않는다. 

한편 요정 팅거벨은 피터를 마법섬으로 데려가고, 거기서 피터는 무모하게 나서다 후크선장에게 잡히고 만다. 후크는 피터에게 날아보라면서 조롱하나 아직도 피터는 마법섬의 세계와 현실을 구분하지 못한다. 위기의 순간 팅거벨은 후크 선장에게 3일간의 여유를 주면 옛날의 피터팬으로 변하게 할테니 그때 정정당당히 싸우자고 한다. 순간의 자만에 도취된 나머지 후크는 피터를 놓아준다. 팅거벨의 도움으로 위기를 벗어난 피터는 이전의 동료들인 마법섬의 고아들과 같이 훈련하면서 자신의 기억을 찾으려 애를 쓰는데.

  후크의 부하인 스미는 피터 자식들을 후크선장의 편으로 만들면 피터팬에게 더할 나위없는 복수가 될 것이라 설득하여, 피터의 아들 잭에게 여태 피터가 소홀이 한점을 이용하여 끈질기게 설득하여 자신의 편으로 만든다. 피터는 기억들을 되찾고 '행복한 생각'을 하여 드디어 나는데 성공한다. 또한 요정 팅거벨을 사랑하게 된다. 

이윽고 약속한 날이되어 맞서게 된 후크선장과 피터팬. 피터팬은 아들 잭이 후크의 편이 되어 있는 것을 보고 충격을 받으나, 후크선장을 물리치고 사랑으로 아들과 딸을 되찾는다.