폼포코 31년, 더 이상 갈 곳 없는 너구리들이 봉기했다!! 조상대대로 전해지는 변신술로 인간들과의 대전투를 선언하다! 순진하고 천진하기만 한 너구리들의 내 땅 지키기 대작전!
도쿄 근방의 타마(多摩) 구릉지. 다카숲과 스즈가숲, 두 무리로 나뉘어 살던 너구리들은 도쿄의 개발 계획인 '뉴타운 프로젝트'로 인해 그들의 숲이 파괴되자, 이에 대항하기 위해 중지되어 있던 '변신술의 부흥'과 '인간연구 5개년' 계획을 추진하기로 합의한다. 또한 시코쿠(四國)와 사도(佐渡) 지방에 살고 있는 전설의 장로 등에게도 원군을 청하기로 하고 '가위, 바위, 보 시합'을 통해 사자를 보낸다.
너구리들은 외부의 원군이 오기를 기다리며, 변신술 특훈과 변신술을 이용한 게릴라 작전으로 인간들의 개발 계획과 공사를 방해하지만 결국 '뉴타운 개발 계획 저지'에는 효과가 거의 없다는 것을 깨닫게 된다.
이 때, 그토록 기다리던 전설의 장로 3명이 시코쿠 지방에서 온다. 3명의 장로는 너구리 변신학을 집대성한 『요괴대작전』을 실행할 것을 선언한다. 이 작전을 경험한 인간들로 하여금 다시 너구리에 대한 존경과 경외심을 품도록 함으로써, "뉴타운 개발 계획을 백지화" 하도록 하려는 것이다.
자! 과연!! 이후, 이들의 작전은 어떻게 될 것인가?!