사츠키와 메이 자매는 엄마가 입원 중인 병원에 가까이 살기 위해 도시 근교의 시골 농촌으로 이사간다.
그러던 어느날 사츠키가 학교에 간 동안 메이는 숲에서 정령을 만나다. 아빠를 마중나가기 위해 버스정류장에 나간 사츠키도 메이와 같이 정령을 만난다. 메이는 그 정령에게 토토로란 이름을 붙여준다. 그들은 비를 맞고 있는 토토로에게 우산을 빌려주게 되고 그들은 친구가 된다.
사츠키와 메이는 토토로와 숲 속의 신비한 일들을 경험하게 되는데...