우주의 악당 저그황제가 LGM(Little Green Men) 혹성의 꼬마 그린맨들을 납치하는 사건이 발생한다. 우주 사령부는 곧 최고의 요원 버즈와 그의 파트너 워프를 파견하고, 이들은 제트 혹성에 침투해 들어간다. 앞을 가로막는 수많은 저그황제의 군대를 닥치는대로 해치우고 납치당한 LGM 혹성인들을 구출하는데는 성공하지만, 안타깝게도 워프는 버즈의 탈출을 돕다가 그만 목숨을 잃고 만다. 파트너를 잃은 버즈를 위해 우주 사령부는 신입 우주전사 중 최고의 훈련성과를 보인 우등생이자, 탄지아 행성의 왕위 계승자인 미라 공주를 파트너로 임명한다. 그러나 워프의 죽음에 크게 책임감을 느낀 버즈는 앞으로는 결코 파트너를 두지 않겠다고 결심하고, 우주 사령부의 제안을 거절한다. 한편, 버즈에게 LGM 혹성인들을 빼앗긴 후에도 저그황제는 계속 LGM 혹성을 기웃거린다. 그가 노리는 것은 바로 유니마인드(한마음)였다. 유니마인드는 LGM 혹성인들이 서로 하나라고 생각하도록 만드는 힘의 원천으로, 저그황제는 이것을 악한 기운으로 변형시켜 우주에 존재하는 모든 생물체들의 생각을 지배하고, 우주 전체를 지배하려는 야심찬 계획을 세워 놓았던 것이다.

착하기만 한 LGM 혹성인들은 저그황제의 공격에 속수무책으로 무너지고, 목적대로 유니마인드를 손에 넣은 저그황제는 전 우주를 향해 악한 기운을 발산하기 시작한다. 유니마인드의 힘이 닿는 곳은 모두가 악한 생각에 물들고, 결국 우주 전체가 저그황제의 지배하에 들어가고 만다. 여기엔 저그황제의 숙적이던 우주사령부도 예외는 아니었다. 최악의 상황에 처한 우주에 남은 단 하나의 희망 오직 우주전사 버즈 뿐이다. 저그황제의 행성에 몰래 잠입하기 위해 소형 우주선을 타고 우주 사령부를 떠나있던 버즈는 그 덕분에 유니마인드의 힘을 피할 수 있었던 것이다. 여기에 그를 도울 친구들은 우주선에 숨어 탔다가 함께 유니마인드의 힘을 피한 미라 공주와 로봇 XR, 그리고 부스터 뿐이다. 이들과 힘을 합쳐 제트 혹성 잠입에 성공한 버즈. 저그황제의 오른팔인 저그대원와 일전을 벌여 그를 때려눕히지만, 저그대원의 헬멧을 벗기는 순간 깜짝 놀라고 만다. 저그대원은 다름 아닌 버즈의 옛 파트너 워프였던 것이다! 너무나 큰 충격에 머뭇거리던 버즈는 저그황제에게 붙잡히는 신세가 되고, 저그황제는 유니마인드를 이용하여 버즈마저 그의 수하로 만들려고 하는데.